در مرحله تحلیل سیستم ها، حسابرسان داخلی می توانند به تیم بررسی کمک کنند تا اطمینان حاصل شود که مهمترین مشکلات سیستم، شناخته شده است. همکاری حسابرسان داخلی بسیار ارزشمند خواهد بود، مخصوصاً اگر آن ها بدانند که سیستم موجود نتیجه و ماحصل حسابرسی های قبلی است. علاوه بر آن، قبل از اتمام این مرحله حسابرسان ممکن است مشخص کنند که سیستم جدید، اطلاعات مورد نیاز برای زمان حسابرسی بعدی سیستم را فرآهم می کند. در هر حال باید توجه داشت که حسابرسان، مداخله عمیقی در مرحله تحلیل ندارند.
حسابرسان باید به شکل جدی در مرحله طراحی، مداخله کنند. حسابرس باید مطمئن شود که سیستم طراحی شده جدید، درخور حسابرسی است. درخور حسابرسی بودن به این معنی است که پیگیری و جستجو در خصوص هر معامله در سیستم امکانپذیر باشد. حتی مدیرانی که می باید از پردازش داده ها وقوف کامل داشته باشند و اطمینان حاصل کنند که کلیه معاملات، در سیستم پردازش شده است، تکیه گاه اصلیشان، کار حسابرسان است. نگاهداری لیست کلیه معاملات که پردازش شده است و لیست مجزایی که کلیه پردازش های اشتباه را نشان بدهد، از اموری با اهمیت است که حسابرسان به آن توجه بسیار دارند.
توجه اصلی حساب رسان در طراحی، به موضوع کنترل است. کنترل این اطمینان را فراهم می کند که پردازش به طور صحیح و کامل انجام شده است. همچنین کنترل، منابع سازمان را در مقابل اشتباه پردازش، حفاظت می کند و از استفاده غیر مجاز سیستم، جلوگیری می نماید. در زمان طراحی سیستم، کارکنان تهیه کننده سیستم، بیشتر تاکید بر مفید بودن و کارایی عملیاتی کامپیوتر دارند تا حراست از منابع سازمان در مقابل زیان های احتمالی از سوء استفاده ها و یا ارتکاب اشتباه. برخلاف این نظریه، توجه و تمرکز حسابرسان بر حراست از منابع سازمان است. بدین لحاظ وجود حسابرسان داخلی در طراحی سیستم بسیار مؤثر و در ابقای کنترل های داخلی سودمند است.
حسابرسان داخلی نه تنها به اعمال کنترل های خاص در سیستم توجه دارند، بلکه در مورد اعمال چارچوب منسجمی از کنترل های داخلی در سیستم، بسیار مفیدند. بدین دلیل ماهیت انواع مخاطره ها را که می باید در مقابل آن، سیستم قدرت تدافع لازم را داشته باشد، روشن می کنند. نقش حسابرسان در طراحی سیستم در سازمان های مختلف، متفاوت است. بسیاری از سازمان ها ترجیح می دهند که حسابرسان توصیه کنند چه مخاطراتی باید مورد کنترل و مقابله قرار گیرد و طراحان سیستم، کنترل های لازم را براساس توصیه های حسابرسان اعمال کنند. در این سازمان ها، کنترل خاصی را مطرح نمی کنند و در طراحی سیستم جدید دخالت مستقیمی ندارند. هرچند حسابرسان طراحی سیستم را مورد بررسی قرار می دهند تا اطمینان حاصل کنند که کنترل های خاص پیش بینی شده، کفایت می کند و مخاطره ای در میان نیست و کنترل ها در مجموع، رضایت بخش است. حسابرسان می باید رابطه بین ارزش کنترل و هزینه را با توجه به مخاطره ها، توجیه اقتصادی کنند.
در طول مرحله استقرار سیستم، حسابرسان باید اطمینان پیدا کنند که کنترل های طراحی شده در سیستم واقعاً به اجرا در آمده است. حسابرسان می توانند عضو تیم بررسی سیستم ها باشند. مشارکت حسابرسان، این امکان را نیز برای آنان فراهم می کند که در جریان تولید سیستم، فرصت مطالعه سیستم جدید را بیابند و با این همکاری، حسابرسی در دوران عملیات تسهیل خواهد شد. متاسفانه حسابرسان کشور ما از سیستم های کامپیوتری اطلاع چندانی ندارند و نبود جامعه حرفه ای فراگیر در کشور آموزش این امر مهم و خطیر را به دست فراموشی سپرده است.