در چنین نظامی، هر سرپرست ممکن است اختیارات و ارتباطاتی با بیش از یک سیستم داشته باشد. معمولاً طراحی ماتریسی در جایی مطرح است که بخشهای وظیفهای و کالاها مختلف، باید لزوماً با یکدیگر ترکیب شوند. شرکتی که چند کالا دارد ممکن است برای هر کالا، مدیری منصوب کند. این مدیر با بخشهای وظیفهای (همچون مالی، حسابداری، پرسنلی و تولید)، رابطه خواهد داشت. مدیر کالا و مدیران وظیفهای، ممکن است به مدیر شرکت گزارش دهند. در سازمانهای ماتریسی، کارکنانی هستند که به دو مدیر (یک مدیر وظیفهای و یک مدیر کالا)، گزارش میدهند. برای مثال، حسابداری که در مورد یک کالا مسئولیت دارد، ممکن است هم به مدیر کالا و هم به بخش حسابداری شرکت گزارش دهد. مهندس کنترل کیفی (که کنترل کیفیت کالا خاصی را برعهده دارد)، هم به مدیر کالا و هم به مدیر تولید شرکت گزارش میدهد.
شکلگیری سازمانهای ماتریسی در چند مرحله صورت میگیرد. شروع آن میتواند از یک گروه ضربت یا تیمی مرکب از اعضای بخشهای مختلف شرکت (همچون مالی، حسابداری، بازاریابی و منابع انسانی)، باشد. این گروه ضربت، رهبر مشخصی خواهد داشت. اعضای تیم، به بخشهای وظیفهای خود گزارش داده و در مقابل رهبر تیم نیز پاسخگو هستند.
معمولاً با پیشرفت کار گروه ضربت، ایجاد تیم دائمی لازم میشود که ایجاد تیم دائم، مرحله دوم شکلگیری سازمان ماتریسی است. این تیم، راه را برای پیاده سازی پروژهای تمام عیار باز میکند. در این مرحله، مدیری برای تیم منصوب میشود و برای جذب منابع انسانی لازم را بخشهای وظیفهای، به مذاکره میپردازد و بدین ترتیب، روابط جدیدی را با چند مسئول دیگر برقرار میکند. وجه تمایز اصلی سازمانهای ماتریسی در همین روابط است. این امر با طراحی سلسله مراتبی سازمانهای عمودی (که مسیر گزارشدهی رسمی آنها، کاملاً تعریف و مشخص شده است)، مغایرت دارد. مدیریت بر سازمان ماتریسی نیز، کاری دشوار و چالش برانگیز است. این کار مستلزم مذاکره دائم، مدارا و شکیبایی با همتایان، حسن همکاری و قبول تقسیم قدرت است. سازمان ماتریسی (نسبت به سازمان عمودی) محیط مناسبتری برای نوآوری فراهم میکند. این نوع سازمان، انعطاف پذیری و کارتیمی بیشتری را بدنبال دارد. استفاده از این طرح سازمانی برای سازمانهایی، مطلوب و جذاب است که دارای ویژگیهای زیر باشند: