سيستم اطلاعات مديريت بر مبناي ساختار سازماني يا سيستم سازماني كه در آن كليه سيستم هاي سازمان از قبيل سيستم عمليات، سيستم منابع انساني، سيستم بازاريابي و فروش، سيستم كنترلي و مانند آن به عنوان اجزاء ساختار يا اجزاء سيستم در پيوند و ارتباط متقابل از نظر انتقال اطلاعات و منابع با يكديگر قرار دارند، طراحي مي شود؛ منتها از نظر ارتباط جريان گردش اطلاعات با تصميم گيري ها، به ترتيبي كه در بالا گفته شد، سلسله مراتب سازماني ، نقش تعيين كننده تري در طراحي سيستم اطلاعات مديريت دارد . از اين نظر سيستم اطلاعات مديريت در سازمان ها به گونه اي ساماندهي مي شود كه اطلاعات مورد نياز اركان هم رديف يا اركان قرار گرفته در سطوح مختلف سازمان به آساني و بموقع در اختيار آنان قرار گيرد. اهميت توجه به سلسله مراتب در طراحي سيستم اطلاعات مديريت از آنجاست كه نوع، حجم و كيفيت اطلاعات مورد نياز سطوح مختلف سازمان و زمان دسترسي به آن متفاوت است. براي مثال گروهي از اطلاعات كه براي تصميم گيري ها از سطوح پائين سازمان بايد به سطوح بالاي سازمان برسد اطلاعاتي است كه نتايج عملكردها را بدست مي دهد و معمولاً بصورت خلاصه ارائه مي شود، حال آنكه اطلاعاتي كه از سطوح بالا به سطوح پائين انتقال مي يابد، از نوع تعيين خط مشي، دستور انجام اصلاحات، دستورالعمل ها و مانند اينهاست كه بعضاً نيز بوسيله كامپيوتر جريان پيدا نمي كند و حجم بالايي ندارد و بيشتر جهت دهنده به فعاليت هاي سطوح بعدي سازمان است و البته از مهمترين جريان هاي اطلاعاتي در سازمانهاست و معمولاً حجم چنداني ندارد، در حالي كه اطلاعاتي كه بين سطوح همطراز و به صورت افقي در سازمان رد و بدل مي شود، معمولا ً حجم بالايي دارد.